Als Italien am 18. Mai 1915 in den Krieg tritt, wird vom Kaiser unverzüglich der Abzug aus Lipica befohlen. Zum vierten Mal müssen die Lipizzaner die Flucht aus dem Gestüt ergreifen, der letzte Zug mit den Pferden fährt am 29. Mai 1915 ab. Die Hengste und Stuten werden nach Laxenburg in der Nähe von Wien übersiedelt, 137 Jungtiere ziehen weiter in das kaiserliche Gestüt Kladrub in Böhmen (Tschechien).
Ende des ersten Weltkrieges gehört Lipica zum italienischem Staatsgebiet, und während die zwischenstaatliche Kommission über die Aufteilung der nach Laxenburg übersiedelten Lipizzaner verhandelt, werden alle Pferde aus Lipica von der neu gegründeten Tschechoslowakischen Republik in Beschlag genommen. Nach langwierigen Verhandlungen kommen 109 Pferde nach Lipica zurück (2 Hengste, 42 Stuten und 65 Fohlen) alle sechs klassischen Linien und dreizehn von damals fünfzehn bekannten klassischen Stämmen (die Stuten aus der Stämmen Gidrane, 1841 und Rava, 1755 fehlen). Mit denen wurde die Zucht in Lipica von Italienern wieder aufgebaut. Aus Laxenburg werden 107 Lipizzaner nach Italien übergegeben und die zweite Ausführung der Zuchtbücher, die bis zum Jahr 1816 in Hofburg bei Wien aufbewahrt wurde.
Als Italien kapituliert, wird die Region von Triest von der deutschen Armee besetzt, und die Adriatische Küste schließt sich dem Drittem Reich an. Der Karst wird von Partisanen angegriffen, und schon am 12. Oktober 1943 werden alle Lipizzaner (179 Pferde, davon 6 Hengste, 54 Stuten und 119 zwischen Jahren 1940 und 1943 geborene Fohlen) samt Stammbaubücher von Lipica nach Hostinec (Hostau) in die Sudeten gebracht. Der Generalstab der deutschen Kavallerie fügt der Herde aus Lipica noch die Herde von 108 Pferden aus Piber (2 Hengste, 36 Stuten und 70 Fohlen) und zahlreiche andere Pferderassen aus okkupierten Ländern hinzu.
Nach dem Jalta-Abkommen (Februar 1945) gehört Tschechoslowakei zu der Sowjetzone. Mit der Auflösung der deutschen Garnison ist das Deportierte Volk der Kriegszerstörung und dem Elend überlassen, so dass auch die Pferde aus dem Urgestüt gefährdet sind.
Oberst Reed, Leiter des Nachrichtendienstes der amerikanischen Kavallerie, schlägt General Patton vor, eine schnelle Kampfhandlung für die Befreiung der Pferde durchzuführen. Da dieses Gebiet schon zu der Sowjetzone gehört, wird der Antrag vom amerikanischen Oberkommando abgelehnt. General Patton übernimmt die Initiative, am 28. April 1945 führen die Amerikaner eine wagemutige Aktion durch, in der alle Pferde nach Schwarzenberg übersiedelt werden, ein Gebiet, das unter dem Kommando der Vereinten Nationen steht (Der Hauptmann Stewart, einer der Protagonisten, und der Sohn des Senators beschreiben die Operation im Brief vom 12. Mai 1945). Oberst Podhajsky, Leiter der Spanischen Hofreitschule, bittet General Patton nur einige Tage danach, am 7. Mai 1945, auch die Lipizzanerhengste aus Wien unter Militärschutz zu nehmen. Die Hengste werden schon vor der Bombardierung von Wien nach St. Martin übersiedelt. (i. e. Rettung der Lipizzaner ist im Film von Walt Disney (1963) dargestellt »The miracle of the White Stallions«).
Als sich die Alliierten Truppen im Jahr 1947 zurückziehen, gehört Lipica zum jugoslawischen Staatsgebiet. Dem Gestüt werden von der ganzen Herde, die während dem II. Weltkrieges von deutschen Truppen konfisziert wird, nur 11 Pferde zurückerstattet. Am 18. November 1947bekommt Italien 80 Pferde (5 Hengste, 42 Stuten, 33 Jungtiere) und die Zuchtbücher, die während des Krieges von deutschen Truppen aus Lipica mitgenommen wurden. Die Italiener führen die Pferde zuerst nach Pinerolo in Piemont und am Anfang des Jahres 1948 werden sie in das Militärgestüt Montelibretti in die Nähe von Rom, übersiedelt. Hier wurden die Zuchtbücher bis zum Jahr 1952 verwendet. Heute werden die Zuchtbücher als wichtiger Teil des Kulturerbes im italienischen Staatsgestüt Monterotondo, in der Nähe von Rom, aufbewahrt.
Im Jahr 1949 werden dem Gestüt Lipica vom Bundesministerium für Land- und Forstwirtschaft 54 Lipizzaner zugeteilt.
Im Jahr 1950 geht das Gestüt aus der Bundes- in die Republikverwaltung über, gleichzeitig wird dem Gestüt der Besitz in der Nähe von Prestranek weggenommen. Lipica verliert auch größeren Anteil der besten Zuchthengste.
Im Jahr 1952 wird eine Abteilung für die Hohe Reitschule und Dressur gegründet. Die Leitung übernimmt der anerkannte russische Trainer Akarov.
Durch die Dezentralisierung (1953) verliert das Gestüt den Status als staatlichen Institut und geht auf den Bezirks- und Volksaufsichtsrat über. Diese sind an der Existenz des Gestüts nicht interessiert und planen deshalb seine Auflösung. Dazu kommt es nicht, da sich für das Gestüt der damalige Staatspräsident Josip Broz-Tito für das Gestüt einsetzt.
Trotz aller Schwierigkeiten findet der erste Auftritt im internationalen Leistungsniveau im Jahr1956 statt. Alfons Pečovnik mit der Stute »Thais IX« nimmt beim internationalen Dressurturnier in Wien erfolgreich Teil, ein Jahr später auch in Aachen.
Im Jahr 1959 wird das Gestüt vom Unternehmen »Jadran-Sežana« übernommen, dieses deckt die nächsten zehn Jahre die gesamten Verluste des Gestüts. In den sechziger Jahren öffnet Lipica der Öffentlichkeit ihre Türen, und es werden neue Richtlinien für die touristische Entwicklung gesetzt. Wegen steigender Unkosten wird im Unternehmen "Jadran-Sežana" entschlossen, mit der Gründung des »Instituts für Pferdezucht Lipica«, das Gestüt aus ihrem Betrieb auszuschließen. Die Anzahl der Pferde wird reduziert und man widmet sich intensiv dem Tourismus.
Im Gestüt befinden sich im Jahr 1963 nur noch 59 Pferde. In den nächsten Jahren wird die Zucht im Gestüt verstärkt und es beginnt sich touristisch zu entwickeln.
Im Jahr 1971 wird wegen immer größerer Anzahl der Besucher das Hotel »Maestoso« gebaut, man beginnt mit den Dressurprogrammen für Besucher. Im nächsten Jahr wird dem Gestüt der Staats- und Landeszuschuss vom Landwirtschaftsministerium eingestellt.
In den nächsten zehn Jahren der Selbstverwaltung folgt intensiver Ausbau. Zwei Reithallen, drei Außenreitplätze, ein Stall mit Reithalle, ein Stall für Privatpferde, Heu- und Strohhallen, ein Hippodrom und Wohnungen für Angestellte werden erbaut. Mit dem urbanistisch und architektonisch fraglichen Bau wird das historische Bild von Lipica wesentlich verändert.
Im Jahr 1974 wird in Lipica der erste Internationale Dressurturnier organisiert. In den siebziger Jahren geht auch das Leben von Josip Broz-Tito, der mit seiner einflussreicher Persönlichkeit versucht die Einheitlichkeit eines national- und kulturvielfältigen Staates zu erhalten, zu Ende. Im damaligen Jugoslawien wird die Innenpolitische Krise immer größer, und der Zerfall des Staates ist nicht mehr weit entfernt. Dem Gestüt wird jegliche Unterstützung vom Staat verweigert. Als der damalige Staatspräsident Tito die Schirmherrschaft f'ur die vierhunfertjährige Feier übernimmt, wird dem Gestüt der Bau von einem neuen Hotel aufgebürdet. Im Jahr 1980 ist der Bau des Hotels Klub abgeschlossen und Lipica feiert ihr hohes Jubiläum. Für die 400-jährige Bestehungsfeier des Gestütes versammeln sich in Lipica alle größeren Vertreter der Lipizzanergestüte und Lipizzanerzucht, neben vielen anderen Gästen ist auch die Spanische Hofreitschule aus Wien dabei und natürlich können die Gäste auch ihren Auftritt bei der großen Galavorstellung bewundern. Im selben Jahr wird in Lipica das CHIO-Turnier organisiert und der slowenische Künstler Avgust Černigoj wird im Gestüt aufgenommen. Im Jahr 1984 ist die Mannschaft aus Lipica das erste Mal Olympiateilnehmer. Auch beim Dressurwettbewerb in Los Angeles treten sie erfolgreich auf.
Im Jahr 1985 wird in Lipica das erste FEI-Dressurturnier organisiert und der große Avantgardekünstler, Avgust Černigoj, stirbt.
In Lipica wird im Jahr 1986 der LIF (»Internationaler Lipizzanerverband«) gegründet. Im gleichen Jahr wird die Galerie von Avgust Černigoj eröffnet.Iim Besitz der Galerie sind 1400 seiner künstlerische Werke und davon etwa 400 ausgestellt.
Mitte der achtziger Jahre befindet sich das Gestüt in einer schwierigen finanziellen Lage; dessen Leitung beginnt deshalb neue Tätigkeiten in diesem wertvollen und empfindlichen Gebiet einzuführen.
Aufgrund des Krieges im Jahr 1991 ist die Anzahl der Besucher immer kleiner und die Lipizzanerherde im Gestüt wird stark reduziert, die Verluste werden immer größer.
Im Jahr 1993 organisierte das Gestüt erfolgreich die Europameisterschaften in der Dressurreiten. Die finanziellen Schwierigkeiten werden immer größer. Deshalb werden die Immobilien, die Ausrüstung und die Pferdeherde kostenlos auf die Gemeinde Sežana übertragen. Die Gemeinde verpflichtet sich die Verbindlichkeiten zulasten der übertragenen Immobilien, die Pferdeherde und die Kunstgalerie Avgust Černigoj zu übernehmen, aber es kann das erforderliche Geld nicht aufbringen.
Von der Regierung wurde eine Kommission gegründet, die über das Gestüt ein Gesetzentwurf vorbereiten soll. Im Mai 1996 wurde das Gesetz über das Gestüt Lipica im Parlament bestätigt, in diesem wird Lipica zur öffentlichen Einrichtung im Besitz der Republik Slowenien proklamiert. Der internationale Lipizzanerverband »LIF« feiert in Lipica die zehnjährige Bestehung.