18. maja 1915, ob vstopu Italije v vojno, prispe v Lipico cesarjev ukaz o takojšnjem umiku. Sledi četrti beg matične črede in zadnji vlak odpelje 29. maja 1915. Žrebci in kobile se selijo v Laxenburg blizu Dunaja, medtem ko se 137 žrebet preseli v Kladrub.
Ob koncu 1. svetovne vojne novoustanovljena češka republika obdrži vse konje iz Lipice, medtem ko se meddržavna komisija pogaja o delitvi v Laxenburgu nameščene črede o njeni vrnitvi v Lipico, ki je takrat že italijansko ozemlje. Po dolgotrajnih pogajanjih se v Lipico vrne 109 konj (2 žrebca, 42 kobil in 65 žrebet), predstavnikov vseh šestih klasičnih linij in trinajst od takratnih petnajstih znanih klasičnih rodov (manjkale so predstavnice rodov Gidrane, 1841 in Rava, 1755). S pridobljenim materialom Italijani obnovijo rejo v Lipici. Italiji je skupaj s plemenskim materialom predan tudi drugi izvod rodovniških knjig, ki so bile od leta 1816 v Hofburgu pri Dunaju.
Po kapitulaciji Italije nemška armada okupira tržaško regijo in jadranska obala se priključi III. rajhu. Kras je prizorišče partizanskega napada na Trst in 12. oktobra 1943 nemška armada umakne vseh 179 konjev (šest žrebcev, 54 kobil in 119 žrebet rojenih med 1940 in 1943) z rodovniškimi knjigami vred v Hostinec (Hostau) v Sudetih na češkem. Generalni štab nemške konjenice lipiški čredi pridruži še čredo 108 konj iz Pibra (2 žrebca, 36 kobil in 70 žrebet) in veliko število konj drugih pasem iz okupiranih dežel.
Po jaltski konferenci (februar 1945) je češka republika dodeljena sovjetskemu vplivu. Z odstavitvijo nemških garnizij je razpuščeno in razseljeno ljudstvo prepuščeno bedi in vojnemu razdejanju, tako da je ogrožen tudi plemenski material starodavnih lipicanskih kobilarn.
Vodja obveščevalne službe ameriške konjenice, polkovnik Reed, predlaga generalu Pattonu hitro vojno operacijo osvoboditve konj. Ameriško glavno poveljstvo zavrne prošnjo za dovoljenje za operacijo znotraj območja, ki že pripada Rdeči armadi. General Patton prevzame iniciativo in 28.aprila 1945 Američani izvedejo drzno akcijo, v kateri vse konje prepeljejo v območje pod poveljstvom združenih sil (stotnik Stewart, eden od protagonistov in sin senatorja, operacijo natanko opisuje v pismu, datiranem 12. maja 1945). Polkovnik Podhajsky, vodja Španske jahalne šole, le nekaj dni zatem, 7. maja 1945, prosi generala Pattona za zaščito žrebcev, ki so bili pred tem odpeljani iz Dunaja v St. Martin (Vrnitev lipicancev dunajski Španski jahalni šoli je upodobljena na Disneyevem filmu iz leta 1963 »The miracle of the White Stalions«).
Ob umiku zavezniških enot, leta 1947, postane Lipica del ozemlja Federativne ljudske republike Jugoslavije. Dodeli se ji le 11 konj iz črede, ki so jih med vojno v Lipici zaplenili Nemci. Rodovniške knjige in 80 konj (5 žrebcev, 42 kobil in 33 žrebet), ki so jih med vojno v Lipici zaplenili Nemci, pa se 18. novembra 1947 dodeli Italiji. Italijani konje najprej odpeljejo v Pinerolo v Piemontu, na začetku leta 1948 pa preselijo v vojaško kobilarno Montelibretti blizu Rima. Tu se rodovniške knjige uporabljajo vse do leta 1952, danes pa se hranijo kot pomemben del dediščine v italijanski državni kobilarni lipicancev v Monterotondi blizu Rima.
Leta 1949 Zvezno ministrstvo za kmetijstvo in gozdarstvo dodeli kobilarni Lipica 54 lipicancev.
Leta 1950 preide Kobilarna Lipica iz zvezne v republiško upravo. Ob tem se kobilarni odvzamejo posestva v okolici Prestranka, Lipica izgubi tudi večje število najboljših plemenskih konj.
V letu 1952 se ustanovi Oddelk za visoko šolo jahanja in dresuro. Vodenje prevzame priznani ruski konjeniški trener Akarov.
Leta 1953 Kobilarna Lipica z decentralizacijo izgubi status državnega zavoda in preide pod okrajne in ljudske odbore. Ti niso zainteresirani za njen obstoj in jo nameravajo razpustiti. Za lipiško kobilarno se kasneje osebno zavzame tedanji predsednik Josip Broz-Tito.
Kljub težavam sledi v letu 1956 prvi nastop v mednarodni areni. Alfonz Pečovnik s kobilo Thais IX uspešno nastopi na mednarodnem turnirju na Dunaju in leto kasneje v Aachnu.
Leta 1959 Lipico prevzame podjetje Jadran Sežana, ki naslednje desetletje krije celotno izgubo kobilarne. V šestdesetih letih se Lipica odpre za javnost in postavijo se temelji njenega turističnega razvoja. Zaradi naraščanja stroškov podjetje Jadran Sežana kobilarno izloči iz svojega sestava z ustanovitvijo Konjerejskega zavoda Lipica. Ta zmanjša število konj in se intenzivno posveti turizmu.
V kobilarni je leta 1963 le še 59 konj.V naslednjih letih se reja v kobilarni okrepi, kobilarna se prične odpirati turizmu.
Leta 1971 se, na osnovi povečanja števila obiskovalcev, zgradi hotel Maestoso in začne uvajati program dresure za obiskovalce. Toda že naslednje leto ministrstvo za kmetijstvo ukine kobilarni dotacijo in v istem letu še dotacijo iz tedanjega republiškega proračuna.
Sledi desetletje samoupravnega dogovornega gospodarstva in intenzivne graditve. V tem času se zgradijo velika in mala pokrita jahalnica, tri zunanje jahalne površine, hlev z veznim objektom s še eno pokrito jahalnico, hlev za privatne konje, seniki, hipodrom in stanovanja za zaposlene. Z urbanistično in arhitektonsko vprašljivimi gradnjami se bistveno spremeni zgodovinska podoba Lipice.
V letu 1974 je organiziran prvi mednarodni turnir v dresurnem jahanju. S sedemdesetimi leti izteka tudi življenje Josipa Broza-Tita, človeka, ki skuša s kultom osebnosti ohraniti enotnost narodnostno in kulturno raznolike države. Notranja politična kriza v pričakovanju predsednikove smrti vse bolj narašča in do razpada Jugoslavije ni več daleč. Lipica se znajde v okoliščinah, ko država odpove sleherno podporo. Ob sprejetju Titovega pokroviteljstva nad štiristoletnico, komunistični monopol naprti kobilarni gradnjo novega hotela. Leta 1980 je hotel Klub dograjen in Lipica slavi visoki jubilej. Na osrednji prireditvi ob 400-letnici obstoja kobilarne se v Lipici zberejo predstavniki vseh lipicanskih kobilarn in rej. Nastopi tudi Španska dvorna jahalna šola iz Dunaja. Istega leta je organiziran CHIO turnir in Lipica sprejme v svoje okolje avantgardnega umetnika Avgusta Černigoja.
Leta 1984 Lipiška ekipa uspešno nastopi v dresurnem tekmovanju na olimpijskih igrah v Los Angelesu.
V letu 1985 se izvede prvi FEI dresurni turnir za svetovni pokal. Umre veliki slovenski avantgardni umetnik Avgust Černigoj.
Leta 1986 se v Lipici ustanovi svetovno združenje rejcev lipicanca - LIF in odpre Galerija Avgusta Černigoja, ki hrani 1400 umetnikovih del.
Sredi 80-ih let se kobilarna znajde v težki finančni situaciji in vodstvo kobilarne sprejme v dragoceni in občutljivi kulturni prostor povsem nove dejavnosti.
Vojna leta 1991 močno zredči število obiskovalcev. Število konj se drastično zmanjšuje. Izgube v Lipici se večajo.
V letu 1993 Lipica uspešno organizira Evropsko prvenstvo v dresurnem jahanju. Finančne težave v kobilarni pa se stopnjujejo. Na Občino Sežana se zato brezplačno prenesejo nepremična sredstva, sredstva opreme in čreda konj. Občina se obveže prevzeti obveznosti, ki bremenijo prenesene nepremičnine, čredo konj in galerijo Avgusta Černigoja, potrebnega denarja pa nima kje vzeti.
Ustanovi se vladna komisija za pripravo zakona o Kobilarni Lipica. S sprejetjem zakona leta 1996 postane Kobilarna Lipica javni zavod v lasti Republike Slovenije. Mednarodno združenje rejcev Lipicanca (LIF) proslavi v Lipici deseto obletnico.